جملة من التحديات تواجه الاتفاق أبرزها نزع سلاح حماس، وهو الملف الأكثر تعقيدا. فبينما تصر إسرائيل والولايات المتحدة على نزع السلاح كاملا لضمان استقرار القطاع، تتمسك حماس بما تعتبره حقها في الاحتفاظ بسلاحها.